Την ημέρα που θα πραγματοποιηθεί η κλήρωση του προγράμματος θα μάθουν οι ομάδες της Γ' Εθνικής (ανάμεσά του ο ΑΟ Χαλκίς και ο ΑΟ Κύμης) τις ομάδες με τις οποίες θα βρεθούν αντίπαλες στο νέο πρωτάθλημα.
Σύμφωνα με ανακοίνωση της ΕΠΟ "η κλήρωση θα διενεργηθεί τη Δευτέρα 2 Σεπτεμβρίου 2013 και ώρα 12:00 στα γραφεία της ΕΠΟ στο Πάρκο Γουδή, για τον καταρτισμό του αγωνιστικού προγράμματος. Την ίδια ημέρα θα ανακοινωθεί και η συγκρότηση των ομίλων στους οποίους θα συμμετέχουν τα σωματεία."
Τα σωματεία που έχουν καταθέσει αίτηση συμμετοχής στο πρωτάθλημα της Γ' Εθνικής Κατηγορίας περιόδου 2013-2014, υποχρεούνται μέχρι την Παρασκευή 23 Αυγούστου 2013 να έχουν προχωρήσει στην εξόφληση των οικονομικών τους εκκρεμοτήτων προς την ΕΠΟ και τις Ενώσεις Ποδοσφαιρικών Σωματείων, ώστε να έχουν δικαίωμα συμμετοχής στην κλήρωση.
Η έναρξη του πρωταθλήματος της Γ' Εθνικής Κατηγορίας έχει οριστεί για την Κυριακή 22 Σεπτεμβρίου 2013.
